Emre Kılınç, futbola Boluspor altyapısından başladı ve 2011–2017 yılları arasında 125 maçta 20 golle TFF 1. Lig’de kendini kanıtladı. Süper Lig’e sivrilme fırsatını Sivasspor’da yakalayan Kılınç, 107 lig maçında sergilediği 22 gollük performansla dikkat çekti ve bu süreçte kulübü Süper Lig’e taşıyan önemli isimlerden biri oldu. 2020 yazında Galatasaray yolunu tutan futbolcu, burada iki sezon boyunca toplam 78 maçta 9 gole katkıda bulundu. Ardından Ankaragücü’ne kiralanan Kılınç, takımına orta saha ve kanatlarda değerli katkılar sundu.

2023 yazında Samsunspor’a bedelsiz olarak katılan tecrübeli kanat oyuncusu, kırmızı-beyazlı formayla bugüne kadar 64 maçta 7 gol atarken, 2024–25 sezonunda ligde 31 maçta 3 gol ve 12 asistle öne çıktı. Bu etkileyici performans, Samsunspor yönetimini sözleşmesini 2028’e kadar uzatmaya yönlendirdi.

Milli arenada da sahne alan Kılınç, genç kategorilerin ardından A Milli Takım’a 2019 yılında kavuştu. Hedefi, Samsunspor’da gösterdiği başarıyla milli formayı yeniden giymek ve futbol kariyerine yeni bir motivasyon katmak.